Ho capito dove è l'inghippo.
Per indicare al file batch, su quale cartella lavorare uso %cd%, questo funziona anche su nomi lungli, ma se la cartella è composta da due nomi con uno spazio, questa va a farsi friggere, quindi il batch non sa più su che cartella lavorare.
Il file wget, è contenuto nel file MyFile.cab, che viene estratto ad inizio, e questo per mantenere il piu pulito possibile la cartella di lavoro, ma anche qui, il batch non lavora in modo corretto con cartelle suddivise dallo spazio.
Vedo se riesco a risolvere.

P.S. per il resto il programma è sicuramente portabile, e lo potete mettere in qualsiasi cartelle, importante che il nome non contenga spazi, almeno per ora.
Se qualcuno sa come risolvere, grazie