Che io sappa io il GmapTool non puo' assolutamente convertire o far visualizzare alcun 3D per altro programma come il BaseCamp.
La visualizzazione del 3D e' una caratteristica della mappa stessa (mappa vettoriale e non raster), che sfrutta i driver del SO del PC in uso e le funzioni del programma come puo' essere il Basecamp.
Quindi utilizzando la mappa che hai installata sul tuo device collegato al PC, aprendo il Basecamp scegliereai appunto la mappa caricata sulla tendina di sx.
Da menu' Visualizza->Modalita' mappa-> Visualizza entrambe potrai avere le 2 finestre affiancate e noterai le differenze fra una cartina in 2D ed una visualizzazione mappa in 3D.
Provando magari con una TOPO, risulta migliore la visualizzazione/differenza.In ogni caso bisogna salire con lo zoom ed aspettare qualche secondo.

Ma,ripeto, bisogna vedere anche quale sia l'accelerazione hardware del tuo SO e suoi driver (ActiveX in primis)

Ciaociao